Ông An là người đã ký Thông báo về việc xem xét kỷ luật công chức của Bộ GD-ĐT có trách nhiệm liên quan tới việc xảy ra gian lận thi THPT quốc gia 2018 tại các tỉnh Hà Giang, Sơn La, Hòa Bình.

13 công chức được yêu cầu kiểm điểm liên quan kỳ thi THPT quốc gia 2018 gồm các cục trưởng, cục phó Cục Quản lý chất lượng, vụ trưởng Vụ Giáo dục trung học, chánh thanh tra, phó chánh thanh tra, vụ trưởng Vụ Pháp chế...

Tuy nhiên, ngày 9/9/2019, Bộ GD-ĐT lại ký văn bản hủy bỏ các Quyết định và Thông báo trên. Lý do hủy bỏ xem xét kỷ luật là các văn bản nội bộ này chưa đảm bảo chặt chẽ về mặt pháp lý, đồng thời còn để tiến hành quy trình xem xét, kiểm điểm trách nhiệm về mặt công tác Đảng như hướng dẫn của Ủy ban Kiểm tra Trung ương.[8]

Phát biểu cuối cùng của Thứ trưởng Lê Hải An: "Nguồn nhân lực phải có khả năng cạnh tranh bình đẳng"".